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哈尔滨医科大学共有两个校区,分别是大庆校区和校本部。哈尔滨医科大学,位于哈尔滨市南岗区保健路157号。为国家教育部首批试办七年制高等医学教育的院校、中西部高校基础能力建设工程、卓越医生教育培养计划重点建设高校之一,是黑龙江省重点建设高水平大学、省部共建大学、中俄医科大学联盟中方牵头院校,黑龙江省高等医学教育研究基地和临床医学硕士专业学位研究生培养模式改革试点高校。哈尔滨医科大学大庆校区,原黑龙江鸡西煤炭医学高等专科学校,位于黑龙江省大庆市。是哈尔滨医科大学为提高综合实力和竞争能力,在大庆市委市政府支持下,于2004年3月开始投资兴建的新型校区,2004年10月正式成立于黑龙江省大庆市。
哈尔滨医科大学下设5所直属附属医院,基础医学院、公共卫生学院、卫生管理学院、药学院、研究生学院、成人教育学院暨继续教育学院、国际教育学院、生物信息科学与技术学院、人文社会科学学院、马克思主义学院、口腔医学院、眼科医学院、护理学院、麻醉学系、重症医学系、医学影像学系、病理学系、体育学部、第一至第五临床医学院(附属医院)、大庆校区等附属单位等校部院系,开设17个本科专业。
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